先天性難聴は、新生児1,000人に1人の割合で発症する、先天性疾患の中で頻度が高い疾患の一つである。その原因は多岐にわたるが、最も高頻度に認められるのは遺伝子変異による遺伝性難聴によるもので、50%以上の症例に関与していると考えられている (Lancet. 2005. PMID: 15752533) 。遺伝形式から、常染色体優性遺伝形式、常染色体劣性遺伝形式、X連鎖遺伝形式、ミトコンドリア遺伝に分類されるが、70-80%は両親ともに難聴がなく、子どもに難聴が生じる常染色体劣性遺伝である。また、難聴の他に随伴症状を伴うか否かで、非症候性難聴 (外耳の目にみえる奇形や関連疾患がない場合) と症候性難聴 (外耳やその他の器官の奇形及びその他の臓器系の疾患を伴う場合) に分類される。非症候性難聴は遺伝性難聴の約70%を占め、残りの30%を占める症候性難聴には約400種類以上の疾患群が知られている。症候性難聴の多くは難聴以外の症状からも診断が可能であり、Alport症候群、branchio-oto-renal (BOR) 症候群、Jervell and Lange-Nielsen症候群、Norrie症候群、Pendred症候群、Stickler症候群、Treacher Collins症候群、User症候群、Waardenburg症候群などは各々原因遺伝子が特定されている。

遺伝性難聴は原因遺伝子によって、難聴の発症年齢、聴力レベル、聴力像、進行性の有無、随伴症状の有無、治療法の効果が異なることが明らかになってきている。それゆえ、遺伝学的検査によって難聴の正確な診断をつけることが重要であると考えられている。わが国では、信州大学が中心となって2008年7月に「先天性難聴の遺伝子診断」が先進医療として認められ、現在は保険診療で19遺伝子154変異の遺伝学的検査が実施できる。

難聴を伴う遺伝性症候群が400以上報告されており、各疾患ごとに聴力低下の進行の程度は様々である。

現時点では疾患そのものを治療する有効な治療法はなく、補聴器あるいは人工内耳による補聴が有用である。

常染色体優性の症候性難聴において、Waardenburg症候群 (WS) I型とIII型ではPAX3、WSII型の一部の症例はMITF、WSIV型はEDNRB、EDN3、SOX10遺伝子の病的バリアントにより発症するが頻度情報の報告は見当たらない。鰓弓耳腎症候群の表現型が認められる家系の約40%でEYA1遺伝子の病的バリアントが確認される。Stickler症候群はCOL2A1、COL11A1、COL11A2遺伝子の病的バリアントにより発症し、神経繊線維腫症2型はNF2遺伝子変異により発症するが、いずれも頻度情報の報告は見当たらない。常染色体劣性の症候性難聴において、Pendred症候群では家系の約50%でSLC26A4遺伝子の病的バリアントが同定される。X連鎖性症候性難聴であるMohr-Tranebjaerg症候群の原因遺伝子はTIMM8Aであるが頻度情報の報告は見当たらない。非症候性難聴における遺伝子頻度は報告されていないようである(GeneReviewsより引用)。

日本人の常染色体優性遺伝形式をとる感音性難聴患者75名に対して既知の難聴遺伝子の解析を行った結果、46名 (61.3%) に少なくとも1つの候補となる病的バリアントを認めたという報告がある (PLoS One. 2016. PMID: 27911912)。日本人先天性難聴患者のうち約20%にGJB2遺伝子の病的バリアントが見出され、一般健常者の保因者頻度が約1/50である。また、前庭水管拡大を伴う難聴症例の80-90%でSLC26A4遺伝子の病的バリアントが検出され、日本人先天性難聴患者のうち2番目に頻度が高い (小児科診療. 1123-1130. 2013)。